针对现有寻优算法存在的重复计算问题,提出了基于递推遗传的模糊3-划分熵多阈值荧光原位杂交(Fluorescence in Situ Hybridization,FISH)基因提取算法来提高用模糊划分熵算法提取多阈值FISH基因的效率.采用迭代验证法确定隶属度函数窗宽,并使用附加边界条件及灰度权重的隶属度函数对图像进行模糊3-划分.为了提高阈值寻优的效率,引入递推算法将模糊熵的计算转化为递推过程,并保存部分不重复的递推结果用于后续的计算,最后采用遗传算法寻优,使得种群个体的计算能使用预存结果快速搜索全局最优阈值.对提取结果与几种常用算法进行了直观比较,并对处理时间、分类概率等性能指标进行了量化分析.对多幅不同类型的仿真人工图像和真实FISH图像的测试表明,处理时间仅为常用算法的1%,错误划分概率小于6.00×10-2.提出的算法可以准确,高效地提取FISH基因目标.