基于序列信息的阳离子抗菌肽设计

• 作者: 张云茹 杨力 林治华 舒茂 路亚阔
• 来源期刊: 计算机与应用化学
• 学科: 工学
• 关键词: 阳离子抗菌肽 定量构效关系 P-scale 遗传算法 偏最小二乘
• 年，卷（期）: 2012,（8）
• 页码范围: 921-926
• 页数: 6页
• 分类号: TQ038.4
• 字数: 4421字
• 语种: 中文

摘要

本文从氨基酸的结构特征出发,构建了氨基酸结构表征体系,即P-scale(principal component score vector of hydrophobic,electronic,steric,and hydrogen bond physicochemical properties)来源于20种天然氨基酸的113种物理化学性质,通过对其中50个疏水性质,23个电性性质,35个立体性质和5个氢键性质分别进行主成分特征提取而产生.并将P-scale描述子应用于101个阳离子抗菌肽QSAR研究.结果表明,基于遗传算法-偏最小二乘法的QSAR模型具有很好的预测能力,发现抗菌肽序列信息与抗菌效价有很强相关性,其中,阳离子抗菌肽第3残基电性性质,第6、7和12残基立体性质以及第11和12残基的疏水性与抗菌效价呈正相关关系,而第6、10和12残基电性性质则与抗菌效价呈显著的负相关.基于良好QSAR模型,我们设计出高活性抗菌肽序列,为设计分子的合成与活性实验提供借鉴.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	舒茂	重庆理工大学药学与生物工程学院	17	28	3.0	4.0
2	林治华	重庆理工大学药学与生物工程学院	45	155	5.0	11.0
3	杨力	重庆大学生物工程学院	57	185	8.0	11.0
4	张云茹	重庆理工大学药学与生物工程学院	18	49	5.0	6.0
5	路亚阔	重庆理工大学药学与生物工程学院	2	1	1.0	1.0