一种新的无标度网络构建方法及其在基因表达谱模拟上的应用

• 作者: 刘桂霞 吴佳楠 周柚 沈威 郑明 钟毅 黄艳新
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 学科: 工学
• 关键词: 基因表达谱 无标度网络 重连接 微分方程模型 启发式搜索
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 581-590
• 页数: 10页
• 分类号: Q67|TP18
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1206.2011.00311

摘要

本文提出一种新的基于重连接方法的无标度网络构建算法.根据重连接方法新节点的调控节点会被重选,重连接概率取决于幂率分布模型参数gamma.用本文算法构建的网络通过微分方程模型来模拟基因表达谱数据,所用的优化算法为GA与PSO.候选节点的选择可以根据已有节点的连接数决定.实验的网络可以用log-log图,模拟的基因表达谱也用微分方程模型来验证效果.每个连接的正确性将会通过实验验证,完整的程序可以通过我们的官方网站获得:http://ccstjlu.edu.cn/CSBG/ourown.