蛋白质相互作用网络的蜂群信息流聚类模型与算法

• 作者: 田建芳 雷秀娟
• 来源期刊: 计算机学报
• 学科: 工学
• 关键词: 信息流 蜂群算法 聚类 蛋白质相互作用网络
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文与技术报告
• 页码范围: 134-145
• 分类号: TP301
• 字数: 11741字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1016.2012.00134

摘要

蛋白质相互作用网络的聚类算法研究是充分理解分子的结构、功能及识别蛋白质的功能模块的重要方法.很多传统聚类算法对于蛋白质相互作用网络聚类效果不佳.功能流模拟算法是一种新型聚类算法,但该算法没有考虑到距离的作用效果并且需要人为地设置合并阈值,带有主观性.文中提出了一种新颖的基于蜂群优化机理的信息流聚类模型与算法.该方法中,数据预处理采用结点网络综合特征值的排序来初始化聚类中心,将蜂群算法的蜜源位置对应于其聚类中心,蜜源的收益度大小对应于模块间的相似度,采蜜蜂结点的所有邻接点按照结点网络综合特征值的降序排列,作为侦察蜂的搜索邻域.采用正确率、查全率等指标对聚类效果做出客观评价,并对算法的一些关键参数进行仿真、对比与分析.结果表明新算法不仅克服了原功能流模拟算法的缺点,且其正确率和查全率的几何平均值最高,能够有效地识别蛋白质功能模块.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	雷秀娟	陕西师范大学计算机科学学院	43	470	12.0	19.0
2	田建芳	陕西师范大学计算机科学学院	2	39	2.0	2.0