鸭CD8α基因克隆及不同禽类分子进化分析

• 作者: 孙志明 张扬 徐琪 李秀 段修军 赵文明 陈国宏 陈阳 黄正洋
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鸭 CD8α 克隆 进化
• 年，卷（期）: 2012,（12）
• 所属期刊栏目: 基础兽医
• 页码范围: 1949-1956
• 页数: 8页
• 分类号: S852.4
• 字数: 4837字
• 语种: 中文

摘要

采用RT-PCR和LD-PCR技术克隆了5个鸭种(金定鸭、樱桃谷北京鸭、番鸭、绿头鸭和斑嘴鸭)CD8α基因编码区序列,结合GenBank中已有禽类(红色原鸡、北京油鸡、斑胸草雀和火鸡)的CD8α序列,采用Jmodeltest最适核苷酸替代模型筛查,使用DAMBE V4.5.2对核苷酸替换(转换/颠换)的饱和性进行检测；并采用最大似然法检测各位点承受的选择压力.测序结果表明,不同鸭种间仅发现少数点突变,其编码区序列相当保守；AIC信息量准则检验结果发现9种禽类CD8α基因的最优核苷酸替代模型为“GTR+G”,核苷酸替换的饱和性检测结果表明序列的核苷酸替换并未饱和；应用MEGA 5.0构建了禽类CD8α基因的系统发育关系树,不同禽类CD8α基因大致划分为3类；“位点-特异”模型检测到7个受到正选择作用的位点,其中4个位于功能重要的区域.本研究成功地克隆了鸭CD8α基因编码区序列,并发现不同禽类CD8α基因在分子进化中是保守的,研究结果为进一步了解禽类CD8α基因进化历程、结构与功能变异提供理论依据.