基于Solexa高通量测序的黄曲条跳甲转录组学研究

• 作者: 吴仲真 宾淑英 林进添 贺华良
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 黄曲条跳甲 Solexa测序 序列重叠群 独立基因 转录组
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 生理与生化
• 页码范围: 1-11
• 分类号: Q966
• 语种: 中文

摘要

黄曲条跳甲Phyllotreta striolata( Fabricius)是十字花科蔬菜的重要害虫.为深入了解其遗传信息,本研究应用新一代高通量测序技术Illumina's Solexa平台对黄曲条跳甲成虫的转录组进行测序,并结合SOAPdenovo拼接聚类等分析软件,获取大量的EST和挖掘功能基因.本文最终获得了4 924条序列重叠群(contig),其中包含2 209种与黑腹果蝇Drosophila melanogaster蛋白基因具直系同源的独立基因(unigene)和610种黄曲条跳甲物种特有的unigene.结合Gene Ontology (GO)数据库进行分析,发现大部分的unigene具结合能力(binding capability)和催化活性( catalytic activity)；上百种unigene可聚类于生物学过程分类中的配子发生、生殖腺发育和交配行为等重要功能.另外,结合KEGG Pathway数据库分析发现,共有363种unigene参与或涉及了40种代谢路径,其中生物钟调控路径和植物次生代谢物路径等相关基因的发现,有助于深入研究黄曲条跳甲行为发生的内在机理.Solexa高通量测序技术作为昆虫功能基因组研究的重要手段,为发掘黄曲条跳甲功能基因发挥了重要作用,也为在分子水平上研发黄曲条跳甲的防治新策略提供了更翔实的基因信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林进添	仲恺农业工程学院外来有害生物预警与控制研究所	61	868	15.0	27.0
2	宾淑英	仲恺农业工程学院外来有害生物预警与控制研究所	48	572	13.0	22.0
3	贺华良	仲恺农业工程学院外来有害生物预警与控制研究所	8	67	4.0	8.0
4	吴仲真	仲恺农业工程学院外来有害生物预警与控制研究所	8	49	3.0	7.0