仿刺参线粒体全基因组序列结构及比较研究

• 作者: 周遵春 李云峰 李梦遥 杨爱馥 王健 赫崇波 高祥刚
• 来源期刊: 水产科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 仿刺参 线粒体DNA 线粒体基因组 单核苷酸多态性 系统进化
• 年，卷（期）: 2012,（8）
• 所属期刊栏目: 研究与应用
• 页码范围: 454-462
• 分类号: Q786
• 字数: 6115字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1003-1111.2012.08.002

摘要

利用已构建的仿刺参cDNA文库得到的线粒体DNA(mtDNA)相关基因序列设计扩增引物,测定了大连仿刺参线粒体基因组全序列,并对其进行了基因构成和进化分析.仿刺参线粒体基因组序列长16 109 bp,其基因构成与其他后口动物基本一致,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和3个主要的非编码区.在其37个基因中,ND6、tRNAScr(AGN)、tRNAGln、tRNAAla、tRNAVal、TrnaAsp位于L链上,其余均位于H链上.在13个蛋白质编码基因中,除ND1的起始密码子为GTG外,其余均以ATG作为起始密码子；除Cytb以“T”作为终止密码子外,其他蛋白质基因均具有完全的终止密码子,且在已知的棘皮动物线粒体蛋白质基因中,部分基因的起始和终止密码子表现出一定的纲内特异性.比较分析了大连、青岛、威海仿刺参线粒体基因组,三者的基因组成和排列相同,碱基组成相近,蛋白质编码基因的起始和终止密码子完全一致,但存在核苷酸和氨基酸序列的差异.三者的控制区序列存在多个插入/缺失和SNP位点.根据COI、Cytb和ND4计算了三者之间的遗传距离为0.006～0.018,遗传距离分析和系统进化关系分析都显示青岛仿刺参和威海仿刺参的关系较大连仿刺参更近.