利用全基因组连锁不平衡估计中国荷斯坦牛有效群体大小

• 作者: 丁向东 姜力 尼桂琰 张勤 张哲 马裴裴
• 来源期刊: 遗传
• 学科: 农学
• 关键词: 中国荷斯坦牛 有效群体 连锁不平衡
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 50-58
• 分类号: S823
• 字数: 7364字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.00050

摘要

有效群体大小是群体遗传学研究的一个重要内容,有助于我们更清楚地了解群体的遗传变异、进化和复杂性状的遗传机制等.随着高密度SNP标记的出现,越来越多的研究利用SNP标记间连锁不平衡估计有效群体大小.文章采集北京地区中国荷斯坦牛2 093个样本,并利用牛SNP芯片(Illumina BovineSNP50,含5 4001SNPs)进行基因型测定,估计不同世代中国荷斯坦牛的有效群体大小.质量控制标准设定为SNP检出率0.95,最小等位基因频率＞0.05,样本检出率0.95,哈代温伯格平衡检验显著性水平P＜0.0001.经过质量控制,共1 968个样本和38 796个SNPs用于连锁不平衡分析.文章选取SNP间距0.1、0.2、0.5、1、2、5、10、15 (Mb),估计中国荷斯坦牛在4世代之前有效群体大小.结果表明,中国荷斯坦牛的有效群体呈逐代下降趋势,至4世代前,中国荷斯坦牛平均有效群体为45头左右.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张勤	中国农业大学动物科技学院农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室	89	1003	18.0	29.0
2	张哲	中国农业大学动物科技学院农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室	14	73	6.0	8.0
3	姜力	中国农业大学动物科技学院农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室	3	17	2.0	3.0
4	马裴裴	中国农业大学动物科技学院农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室	3	96	3.0	3.0
5	尼桂琰	中国农业大学动物科技学院农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室	1	12	1.0	1.0