下一代测序中ChIP-seq 数据的处理与分析

• 作者: 叶彦波 张宁 徐硕 李勃 阮吉寿 高山
• 来源期刊: 遗传
• 学科: 医学
• 关键词: 下一代测序 ChIP-seq 数据处理 转录调控 表观遗传学
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 773-783
• 分类号: R394
• 字数: 8449字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.00773

摘要

将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与下一代高通量测序技术相结合的染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq),已成为功能基因组学、特别是基因表达调控领域研究的关键技术.ChIP-seq 实验带来的海量数据向生物信息学研究人员提出了新的挑战.由于此领域数据处理技术的发展大大滞后于实验技术进步,有必要系统地介绍和回顾ChIP-seq 数据处理的各个方面,以便更多研究人员进入此领域设计或改进相应的算法.文章结合实例详细介绍了ChIP-seq 数据整个流程,并重点讨论了其中的主要问题和关键环节,为这一研究领域的科研人员提供一个快速而深入的认识.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张宁	南开大学数学学院	35	314	12.0	17.0
2	徐硕		35	257	9.0	14.0
3	高山	南开大学数学学院	9	45	3.0	6.0
4	李勃	重庆大学生物工程学院	2	16	1.0	2.0
5	叶彦波	中国科学院武汉病毒研究所	1	16	1.0	1.0
6	阮吉寿	南开大学数学学院	6	21	2.0	4.0