不同人群的SNPs基因型数据中r2值对TagSNP数量的影响

• 作者: 刘艳 孙远洁 张镏琢 李昂 秦平 袁重胜 郑娟娟
• 来源期刊: 中国卫生统计
• 学科: 生物学
• 关键词: 单核苷酸多态性 连锁不平衡 标签SNP r2值
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 所属期刊栏目: 应用研究
• 页码范围: 367-368,371
• 分类号: Q987
• 字数: 2902字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-3674.2012.03.017

摘要

目的 探索不同人群的单核苷酸多态性(SNPs)数据中,连锁不平衡相关程度(用r2值来表示)对标签SNP(TagSNP)数量的影响.方法 依据HapMap 2009年Ⅲ期所发布的三个人群的22号染色体的SNPs基因型数据,运用Haploview 4.2软件筛选tagSNP,对比北京汉族人群、东京日本人群与来自欧洲北部和西部的犹他州人群的r2值与tagSNP数量的关系.结果 三个人群均表现出随着所设定的,r2值的增大tagSNP数量呈现出逐渐增多的趋势,但r2值相同时三个人群的tagSNP数量却存在着一定的差异,相对说来北京汉族人群和东京日本人群的结果较为接近.结论 运用Haploview软件筛选tagSNP的方法有效,但要依据目标人群、研究经费等方面的具体情况设置合理的r2值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘艳	哈尔滨医科大学卫生统计学教研室	112	853	13.0	23.0
2	袁重胜	哈尔滨医科大学研究生学院	23	108	5.0	9.0
3	李昂	哈尔滨医科大学卫生统计学教研室	18	87	5.0	8.0
4	秦平	哈尔滨医科大学卫生统计学教研室	3	16	2.0	3.0
5	张镏琢	哈尔滨医科大学卫生统计学教研室	3	16	2.0	3.0
6	郑娟娟	哈尔滨医科大学卫生统计学教研室	3	15	3.0	3.0
7	孙远洁	哈尔滨医科大学卫生统计学教研室	3	15	3.0	3.0