油茶基因组微卫星特征分析

• 作者: 史洁 尹佟明 戴晓港 施季森 管宏伟 陈金慧
• 来源期刊: 南京林业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 油茶 微卫星 重复单元 长度变异
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 47-51
• 分类号: S722
• 字数: 4061字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2012.02.010

摘要

对油茶基因组约10％覆盖度的DNA序列进行微卫星查找,共获得11344个重复单元长度为1～6碱基的微卫星.在此基础上,通过对这些微卫星序列分析发现:在油茶基因组中长度为二核苷酸的微卫星重复单元最为丰富,占27.1％；在单碱基重复和二碱基重复这两种类型中,最主要的优势重复单元分别是A/T以及AT/TA、AG/TC.三碱基、四碱基、五碱基重复类型中,(AAN)n、(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T.油茶基因组中变异程度高的微卫星(长度≥20 bp)约占11.7％.分析还发现,除单核苷酸重复微卫星外,油茶基因组微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关,即油茶基因组中长度较短的微卫星变异速率较快,而较长的重复单元变异速度较慢,相对较为稳定.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	施季森		218	3785	32.0	50.0
2	戴晓港	南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室	17	162	8.0	12.0
3	尹佟明	南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室	41	1008	16.0	31.0
4	管宏伟	南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室	2	35	2.0	2.0
5	陈金慧	南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室	37	571	11.0	23.0
6	史洁	南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室	4	73	3.0	4.0