海洋细菌Pseudoalteromonas sp.NJ631中NRPS基因簇及核心模件的发掘

• 作者: 严小军 何山 朱鹏 金海晓 陈威
• 来源期刊: 微生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 海洋细菌 非核糖体肽合成酶 腺苷酰化结构域 基因组信息发掘
• 年，卷（期）: 2012,（12）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 1531-1539
• 分类号: Q933
• 语种: 中文

摘要

[目的]运用基因组信息发掘技术(Genome Mining)对海洋细菌Pseudoalteromonas sp.NJ631基因组中的非核糖体肽合成酶(Nonribosomal peptides synthetases,NRPSs)基因簇资源及其核心模件进行发掘分析,旨在为Pseudoalteromonas属中非核糖体肽(Nonribosomal peptides,NRPs)的发现提供理论依据和数据支持.[方法]依托第二代测序技术获得的Pseudoalteromonas sp.NJ631基因组序列草图,在分析其次生代谢产物编码基因的基础上,利用NRPS-PKS knowledgebase在线预测软件鉴定潜在的NRPSs基因簇,并对其基因组中的NRPSs核心模件腺苷酰化(Adenylation,A)结构域编码基因信息进行发掘.[结果]在NJ631基因组序列草图中发现3个典型结构组成的NRPSs基因簇,命名为NGC1、NGC2和NGC3,分别位于scaffold6,9和11.进一步的结构域预测分析表明,3个NRPSs基因簇均含有3个ORFs,其中NGC1编码7个NRPSs模块 ;NGC2和NGC3均编码6个NRPSs模块.对A结构域的信息发掘显示NJ631基因组中含有38个A结构域编码基因,特异性选择18种氨基酸底物.[结论]通过运用基因组信息发掘技术对海洋细菌Pseudoalteromonas sp.N J631全基因组信息进行NRPSs基因簇及核心模件A结构域的发掘分析,结果提示,通常只在放线菌或真菌中发现的NRPSs基因资源也在Pseudoalteromonas属中大量存在.研究结果也为今后Pseudoalteromonas属中非核糖体肽(Nonribosomal peptides,NRPs)的发现提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	严小军	宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室	235	1827	21.0	28.0
2	朱鹏	宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室	35	106	6.0	8.0
3	金海晓	宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室	10	15	3.0	3.0
4	何山	宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室	18	31	3.0	4.0
5	陈威	宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室	1	4	1.0	1.0