蓖麻EST资源的SSR信息分析与功能注释

• 作者: 夏志强 王文泉 邹枚伶 陈俊荣
• 来源期刊: 热带作物学报
• 关键词: 蓖麻 EST-SSR 微卫星
• 年，卷（期）: 2012,（12）
• 所属期刊栏目: 遗传育种、作物营养与栽培
• 页码范围: 2138-2143
• 页数: 6页
• 字数: 2326字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2012.12.004

摘要

将NCBI公共数据库62 592条蓖麻EST序列进行拼接,得到无冗余Unigene 11 708条,总长度921 kb.在无冗余序列中发现含有SSR的EST序列2471条,共3 271个位点.SSR发生频率为27.94％,平均分布距离为2.81 kb.在1～6 bp的重复基元中,单核苷酸重复基元出现频率最高(37.51％),其次是三核苷酸重复基元(34.63％)、二核苷酸重复基元(25.61％).出现较多的重复基元是A/T(36.32％),其次是AG/CT(18.28％).蓖麻的EST-SSR出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值.对蓖麻的EST-SSR功能注释(COG,SwissProt,KEGG),有9条序列注释到脂肪酸合成与代谢相关的基因,为后续有针对性开发EST-SSR标记提供重要依据,也为进一步开发蓖麻EST-SSR标记奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王文泉	中国热带农业科学院热带生物技术研究所	74	886	18.0	26.0
2	邹枚伶	中国热带农业科学院热带生物技术研究所	6	39	3.0	6.0
3	夏志强	中国热带农业科学院热带生物技术研究所	14	110	6.0	10.0
4	陈俊荣	中国热带农业科学院热带生物技术研究所	4	11	2.0	3.0