草菇PGAM基因克隆、结构及其在同核、异核菌株中的表达量分析

• 作者: 刘朋虎 江玉姬 谢宝贵 邓优锦
• 来源期刊: 福建农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 可变剪切 基因结构 异核体 Solexa测序
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 所属期刊栏目: 园艺科学
• 页码范围: 252-256
• 分类号: S646.13
• 字数: 3696字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1008-0384.2012.03.009

摘要

以福建农林大学菌物研究中心保存的草菇单孢菌株PYd21、PYd15及二者的杂交配对异核菌株H15-21为研究材料,利用本中心草菇的基因组、转录组及表达谱测序数据,对草菇磷酸甘油酸变位酶(PGAM)基因进行基因克隆,并对其结构与表达量进行研究.克隆测序了PYd21与PYd15中PGAM基因并进行比对,比对结果表明2个菌株的PGAM基因序列一致.利用转录组数据对PGAM基因结构进行分析,分析结果显示:该基因全长2 118 bp,含有10个外显子、9个内含子,其中6个内含子存在内含子保留的可变剪切类型;开放阅读框(ORF)全长1 611 bp、编码536个氨基酸.数字基因表达谱分析结果表明,PGAM基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为35.29、127.91、302.89 TPM (Transcript Per Million Clean Tags),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关,且异核菌株H15-21中的表达量显著高于2个单孢菌株,暗示了异核体H15-21中两种不同的细胞核存在相互作用,影响了PGAM基因的表达.采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,与表达谱数据相符合.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢宝贵	福建农林大学菌物研究中心	186	1536	20.0	28.0
2	江玉姬	福建农林大学菌物研究中心	68	515	13.0	20.0
3	刘朋虎	福建农林大学菌物研究中心	56	275	9.0	14.0
4	邓优锦	福建农林大学菌物研究中心	44	315	12.0	16.0