应用DGGE技术分析流清河湾扇贝养殖海区细菌群落结构的季节变化

• 作者: 李赟 杨彩霞 梁颜韬 王娜 王崇明 蔡玉勇
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 细菌群落结构 16S rDNA PCR-DGGE 流清河湾
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 页码范围: 407-414
• 分类号: S917.1|Q938.1+5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2012.27767

摘要

细菌是海区生态环境的重要组成部分,为了解扇贝养殖海区细菌群落结构的季节性交化,连续11个月(2009年5月-2010年4月,2月除外)定期采集青岛流清河湾扇贝养殖海区水深0.5m处水样,过滤收集粒径0.22 ～3.00 μm的微生物,采用CTAB法提取样品总DNA,PCR扩增细菌16S rDNA V3-V5可变区序列,并通过DGGE技术对所得序列进行分离,结果共得到36条不同位置的条带,1月份水样细菌群落条带数最为丰富,3月份水样的细菌群落条带数最少.基于各月份DGGE条带数目和相对光密度,对11个月份样品的细菌群落多样性进行UPGMA聚类分析,结果表明,3、4和5月份细菌群落多样性具有较高的相似性,优先聚为一支,其余月份中,7月和8月,9月和12月,10月和11月分别优先聚为一支,而1月份和6月份均单独分为一支.剪切DGGE图谱中的20条主要谱带重扩增、测序,并进行BLAST比对.结果表明,20条序列与已知序列的相似性均在94％以上,这20条序列所代表的细菌分属于α-变形菌亚门(α-Proteobacteria)、β-变形菌亚门(β-Proteobacteria)、γ-变形菌亚门(γ-Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia).

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李赟	中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室	48	532	14.0	20.0
2	王崇明	中国水产科学研究院黄海水产研究所	30	428	12.0	20.0
3	王娜	中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室	25	208	8.0	14.0
4	杨彩霞	中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室	3	27	2.0	3.0
5	蔡玉勇	中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室	10	81	6.0	9.0
9	梁颜韬	中国水产科学研究院黄海水产研究所	1	19	1.0	1.0