斑点叉尾(鮰)源海豚链球菌DGX07株simA基因克隆、鉴定及分子特性分析

• 作者: 付希 汪开毓 王均 王浩丞 肖丹 陈德芳 黄凌远 黄锦炉
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 斑点叉尾(鮰) 海豚链球菌 simA基因 克隆
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 页码范围: 350-358
• 分类号: S917|Q785
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2012.27748

摘要

以Primer p14(5’-GATCAAGTCC-3’)为引物对分离自患病斑点叉尾(鮰)海豚链球菌强毒株DGX07进行RAPD分析.同时参照GenBank中海豚链球菌simA基因序列设计特异性引物,以DGX07基因组DNA为模板,扩增出约1 500 bp的simA基因,并将其克隆到pMD19-T载体上,之后对重组质粒进行PCR和双酶切(BamH Ⅰ+Xho Ⅰ)鉴定,鉴定正确后送测序公司测序.RAPD分析结果显示,DGX07和标准菌株均能扩增出750 bp大小的条带.通过生物信息学软件对测序结果分析显示,simA基因全长1 566bp,由521个氨基酸组成,与海豚链球菌simA和simB亲缘性达100％,存在1个由41个氨基酸组成的信号肽,具有Bap31和Gram_pos_anchor两个超家族的保守结构域；具有与蛋白翻译后修饰功能相关的磷酸化位点22个和N-糖基化位点2个,编码多肽链中亲水区大于疏水区,是一种膜外蛋白,并具有多个抗原优势位点区域.密码子偏爱性分析表明,斑点叉尾(鮰)源海豚链球菌simA基因密码子使用频率差异较大,密码子偏爱性与酵母较为接近.获得GenBank登录号为JF330100.