甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛EST资源的SSR信息分析

• 作者: 谢一芝 贾赵东 郭小丁 马佩勇
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 三浅裂野牵牛 生物信息学 EST SSR
• 年，卷（期）: 2012,（z1）
• 页码范围: 27-32
• 页数: 6页
• 分类号: S531.03
• 字数: 4837字
• 语种: 中文

摘要

利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1 458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析.结果显示,剔除低质量的和冗余的序列后,得到总长度为334.368 kb无冗余序列868条.这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于35条EST中,出现频率为4.03％,平均分布距离为9.55 kb.在2～6核苷酸的重复类型中,二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57％,其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71％.在所有重复单元中,所占比例最高的是AT/AT(14.29％),其次是TCT/AGA为11.43％,TAA/TTA为8.57％列第3位.在所有的SSR中,EST-SSRs重复次数5次的有13个,占全部SSR的37.14％,其次是重复次数为4次和7次,各有5个,占全部SSR的14.29％.结果说明,甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛的EST-SSR出现频率较高、类型丰富、具有一定的研究利用价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	贾赵东	江苏省农业科学院粮食作物研究所	62	455	10.0	19.0
2	谢一芝	江苏省农业科学院粮食作物研究所	101	900	14.0	26.0
3	郭小丁	江苏省农业科学院粮食作物研究所	70	514	11.0	20.0
4	马佩勇	江苏省农业科学院粮食作物研究所	49	320	9.0	16.0