利用比较基因组学方法预测短小芽孢杆菌转录调控网络

• 作者: 刘震 张义正 李校 桂俊鸿 王海燕 赵培虎
• 来源期刊: 四川大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 比较基因组学 短小芽孢杆菌 枯草芽孢杆菌 转录调控网络
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 生物学
• 页码范围: 230-238
• 分类号: Q811
• 字数: 5101字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0490-6756.2012.01.038

摘要

为探讨短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的基因调控关系,通过在其亲缘关系最近的模式菌——枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)中寻找同源转录因子及其调控基因的方式,预测出B.pumilus的候选转录调控网络；并利用转录因子绑定位点的位置权重矩阵(Positional Weight Matrix)在B.pumilus全基因组的基因上游区域扫描motif的方式来验证候选转录调控网络；最后再整合其他B.pumilus专属的调控数据,最终形成一个较完备的B.pumilus基因转录调控网络(包含195个转录因子和1201个受控基因).上述结果表明,在细菌中,利用比较基因组学的方法,以一个被广泛研究的模式生物所积累的基因转录调控关系数据为基础,推测出亲缘关系较近的其他物种的基因调控网络,其结果是可靠的,为探索一些尚不具备大规模基因表达芯片数据的物种的基因调控网络提供了一种可行的方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王海燕	四川大学生命科学学院四川省分子生物学和生物技术重点实验室	60	299	10.0	14.0
2	刘震	四川大学生命科学学院四川省分子生物学和生物技术重点实验室	12	32	3.0	4.0
3	李校	四川大学生命科学学院四川省分子生物学和生物技术重点实验室	10	16	2.0	3.0
4	桂俊鸿	四川大学生命科学学院四川省分子生物学和生物技术重点实验室	4	3	1.0	1.0
5	赵培虎	四川大学生命科学学院四川省分子生物学和生物技术重点实验室	3	3	1.0	1.0