长双歧杆菌亚种JCM1217基因组分泌蛋白的分析

• 作者: 张秀红 段江燕 王颖
• 来源期刊: 中国食品学报
• 关键词: 长双歧杆菌 信号肽 分泌蛋白
• 年，卷（期）: 2012,（11）
• 所属期刊栏目: 食品安全与检测
• 页码范围: 160-169
• 语种: 中文

摘要

目的:双岐杆菌是人体肠道重要的益生菌,对其分泌蛋白的分析有助于正确理解该菌株的各项生理功能及与宿主相互作用的分子机制.方法:从GenBank中获得长双歧杆菌亚种JCM 1217基因组注释的蛋白质氨基酸序列,然后用SignalP v3.0、TMHMM 2.0、TatP、LipoP1.0、GPI、DOLOP软件分析该基因组中的分泌蛋白功能及其与信号肽的类型、特点等.结果:从长双岐杆菌亚种JCM 1217中共筛出58个Sec途径分泌蛋白,1个Tat途径分泌蛋白,142个非经典分泌蛋白质.该菌株中Sec途径分泌蛋白主要包括被Ⅰ型(Spase Ⅰ)信号肽酶和Ⅱ型信号肽酶(SpaseⅡ)识别的蛋白,其信号肽长度最多的分别有25个和28个氨基酸.Spase Ⅱ分泌蛋白长度分布范围及蛋白平均长度都比Spase Ⅰ型分泌蛋白要小.双岐杆菌信号肽与成熟蛋白切割位点左侧的-3位、-2位和-1位丙氨酸分别占到61.11％、19.4％和83.33％,属于典型的A-X-A的信号肽识别位点结构.对其功能的分析表明,该菌株的分泌蛋白除了一大部分为假定蛋白外,Spase Ⅰ型分泌蛋白主要包括一些代谢酶类,水解酶比较少;Spase Ⅱ型分泌蛋白则主要是ABC转运相关蛋白质;非经典分泌蛋白种类多,包括代谢细胞壁合成在内的许多相关酶类,基因表达DNA复制相关蛋白质及其它功能蛋白.结论:双岐杆菌分泌蛋白及其信号肽特征类似其它革兰氏阳性菌,分泌蛋白功能与其宿主环境适应.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张秀红	山西师范大学生命科学学院	39	193	8.0	13.0
2	段江燕	山西师范大学生命科学学院	63	258	11.0	13.0
3	王颖	山西师范大学生命科学学院	6	9	2.0	3.0