棉花非冗余性EST-SSR新标记的开发及其评价

• 作者: 刘方 张香娣 王为 王坤波 王春英 王玉红 王琳 王长彪 陈浩东
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 棉花 EST-SSR标记 冗余性 多态性 通用性
• 年，卷（期）: 2012,（8）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 1443-1451
• 分类号: S562
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2012.01443

摘要

利用ClustalX等软件对公共数据库现有的393 753条棉花EST序列分析,得到349 815条非冗余EST序列,借助自主开发的SSRmine软件共发掘SSR位点11 372个,分布于10 507条EST中,EST-SSR的频率是3％,平均相隔21kb出现一个SSR.在2～6 bp的重复基元中,三核苷酸和六核苷酸分别占34.1％、40.6％,二、三、四、五和六核苷酸基序分别以AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT和AAAAAG/CTTTTT的类型最多.利用去冗余的且在亚洲棉、陆地棉、海岛棉中没有被开发过的410条EST序列设计开发了200对非冗余性SSR引物,利用自主开发的SSRD软件通过SSR引物序列下载、预处理、Blastn、提取相似性分值≥81％的引物编号、提取引物冗余对、冗余引物写成一行6个步骤去除来源于自身部分同源序列以及与CMD释放的不同棉种相似性SSR引物,得到了非相似性引物,定名为CRIXXX (CRI即Cotton Research Institute).并分别选用棉花12个种的代表性材料对其中100对进行引物功效评价,包括多态信息含量(polymorphism information content,PIC)及引物通用性研究.结果显示,从自主开发的100对SSR引物筛选出56对均能在12份材料间扩增出稳定明显的条带,其中多态性引物35对,多态率占35％.引物的PIC变幅为0.097～0.888,平均为0.482;1对海岛棉EST-SSR引物在12份材料间的通用性为100％,25对亚洲棉引物通用性为81％,74对陆地棉引物通用性为80.1％.