甘蔗EST—SSR标记的开发和多样性分析

• 作者: 伍苏然 张树珍 张雨良 王俊刚 郭安平 黄启星
• 来源期刊: 热带农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蔗 EST SSR 微卫星
• 年，卷（期）: 2012,（12）
• 所属期刊栏目: 遗传育种与生物技术
• 页码范围: 33-42,49
• 页数: 11页
• 分类号: S566.1
• 字数: 7478字
• 语种: 中文

摘要

运用生物信息学分析方法对甘蔗（Saccharum spp．）的282809条表达序列标签（ESTs）进行分析．共获得Unigene138590条．发掘出分布于10086条Unigene的10505个微卫星（EST-SSR）位点．SSR发生频率为7．26％，平均9．22kb出现1个SSR。在7个杂交甘蔗品种中，三核苷酸基元的SSR数量最多（74．95个／Mb），其次为二核苷酸基元的SSR（22．95个／Mb），二者占总数的90．27％。以CCG／CGG、AG／CT为重复基元的SSR是最常见的EST—SSR类型，富含G／C的EST—SSR占据极明显的优势。与拟南芥和水稻cDNA序列内SSR的比较表明．富含G／C的SSR可能是禾本科植物SSR的一个共同特点。研究发现．SSR在EST与基因组序列之间以及在不同甘蔗品种之间的分布存在差别，具有丰富的多样性。此外，从EST数据分析获得杂交甘蔗品种的16个保守基因，从中发掘了9个SSR位点。最后．利用Primer3和e—PCR软件设计了一批具有物种特异性和通用性的EST—SSRPCR引物，相关数据可以通过http：／／59．50．66．49／SSR／sugarcane／sugarcane．EST—SSR．tgz链接从因特网下载。该研究结果可为开展甘蔗遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子辅助育种提供参考。