利用SSCP技术分析甘蓝型油菜10个功能基因序列差异

• 作者: 傅廷栋 李媛媛 陈庆芳 马朝芝
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 甘蓝型油菜 功能基因 SSCP 序列分析
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种种质资源分子遗传学
• 页码范围: 43-49
• 分类号: S565.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.l006.2012.00043

摘要

以甘蓝型油菜SI-1300和Eagle为材料,利用DNA单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术,对10对功能基因特异性引物进行多态性分析,每对引物均检测到1个多态性位点.随后随机挑选10个多态性片段进行测序,并利用bl2seq软件比较测序序列与基因原始序列.结果显示测序序列与所对应的基因原始序列之间相似程度平均高达98％,差异碱基数平均仅为2.3个.进一步选取5对引物比较分析两个材料间的差异扩增片 段序列,发现差异扩增片段在2个材料中高度保守,平均相似度达97％；在所测序的5对引物扩增序列中,共存在39个单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)和5个插入/缺失突变(insertion-deletions,INDELs),SNP和INDEL的发生频率分别为1 SNP/30 bp和1 INDEL/233 bp.结果表明,SSCP标记能够真实代表原始功能基因,甘蓝型油菜功能基因序列在不同材料间高度保守,其遗传变异类型主要来源于SNP.