hsa-miR-335靶基因预测及生物信息学分析

• 作者: 倪毓辉 史春梅 季晨博 崔焱 徐广峰 朱璐 郭锡熔
• 来源期刊: 西部医学
• 学科: 医学
• 关键词: miR-335 miRNA 生物信息学 人脂肪细胞 肥胖
• 年，卷（期）: 2012,（10）
• 所属期刊栏目: 基础医学与实验研究
• 页码范围: 1851-1855
• 分类号: R318.04
• 字数: 2639字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-3511.2012.10.002

摘要

目的 对hsa-miR-335进行系统的生物信息学分析,预测hsa-miR-335可能参与的生物学过程,为本研究小组深入研究其在脂肪细胞分化中的功能和机制奠定基础.方法 通过miRbase获取并分析hsa-miR-335序列特征；应用TargetScan,PicTar及miRanda预测hsa-miR-335的靶基因,并结合已证实的靶标基因,进行功能注释(GeneOntology)和Pathway富集分析(Pathway Enrichment).应用NCBI Mapviewer、UCSC Genome Browser等工具对hsa-miR-335进行启动子相关预测.结果 miR-335在各物种之间具有高度保守性,其靶基因功能富集于胰腺外分泌、脂质激酶活性调控、wnt受体信号的调控、细胞周期等生物学过程(P＞0.01),其靶基因信号通路富集于促性腺激素释放激素信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、细胞周期等信号转导通路(P＜0.05).启动子预测提示hsa-miR-335为基因内miRNA,在基因组上下游10kb以内存在CpG岛,转录起始位置(TSS)、Poly A信号、转录因子结合位置(TFBS).结论 hsa-miR-335预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,与肥胖密切相关,并可能存在其独立的转录调控机制.为后续miR-335在肥胖人脂肪细胞中生物学功能研究奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭锡熔		220	1261	16.0	21.0
2	崔焱		145	1681	22.0	33.0
3	史春梅		12	50	4.0	6.0
4	倪毓辉		22	121	6.0	9.0
5	季晨博		19	46	4.0	5.0
6	徐广峰		3	8	1.0	2.0
7	朱璐		4	16	3.0	4.0