一种基于混沌游走表示法的种系发生树构建

• 作者: 季平 陈勃
• 来源期刊: 计算机应用研究
• 关键词: 种系发生树 混沌游走表示法 聚类 序列分析 生物信息学
• 年，卷（期）: 2012,（8）
• 所属期刊栏目: 算法研究探讨
• 页码范围: 2956-2960
• 分类号: TP391
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-3695.2012.08.040

摘要

针对生物信息学领域中种系发生树构建这一重要课题的需要,利用DNA碱基序列的频度混沌游走表示法,提出一种碱基序列自重复性的度量和一种序列间相关性的度量,并由此出发,提出了一种新的以此种相关性为依据的聚类方法.利用这样的方法,通过GenBank中获取的线粒体DNA数据构建了一棵包含20个物种的种系发生树.实验结果验证了新提出的度量方法以及聚类方法在种系发生树构建问题上的有效性.此外,由于这种方法使用碱基序列的图形表示法,而非传统的串形表示法,避免了建树过程中序列间联配的步骤.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈勃	福州大学数学与计算机科学学院	4	29	1.0	4.0