萝卜EST资源的SSR信息分析及EST-SSRs标记开发

• 作者: 宋江萍 崔娜 李锡香 沈镝 王海平 邱杨
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 萝卜 EST SSR特征 标记开发
• 年，卷（期）: 2012,（7）
• 所属期刊栏目: 蔬菜
• 页码范围: 1303-1312
• 分类号: S631.1
• 语种: 中文

摘要

从NCBI数据库下载了287349条萝卜EST序列,经预处理后得到无冗余EST序列58105条,全长38 22.476kb。利用MISA搜索SSR位点,得到含有SSR位点的EST序列3523条,共3718个SSR,平均每 10.39kb就出现1个SSR。分析发现萝卜EST序列中存在265种重复基元类型,其中二、三、六核苷酸重复是主导的重复基元类型,二核苷酸中以比例高达91.34%的AG/CT重复基元为主;三核苷酸中主导的重复基元类型是AAG/CTT,比例为35.86%;六核苷酸中,存在两种主要的重复基元,分别为AAGGAG/CCTCTT和AAGAGG/CCTTCT,所占比例为12.78%。这些结果表明,萝卜 EST-SSRs出现频率较高,类型丰富,具有良好的多态性潜能和开发利用价值。使用primer3.0 批量设计,并以不同主导重复基元类型初步合成183对EST-SSR引物,以12份典型萝卜种质、1对亲本及其F1的基因组DNA为模板,对其有效性进行验证,筛选出有清晰扩增产物的引物159 对,其中具多态性引物64对;在试验亲本及其F1中表现多态性的引物30对,共显性引物27对。