脂肪细胞分化相关miRNA-hsa-miR-378生物信息学分析

• 作者: 史春梅 季晨博 徐美玉 徐露莲 郭锡熔 陈玲
• 来源期刊: 中国儿童保健杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: miR-378 microRNA 生物信息学 脂肪细胞分化 肥胖
• 年，卷（期）: 2012,（11）
• 所属期刊栏目: 基础科研论著
• 页码范围: 1001-1004
• 分类号: Q813
• 语种: 中文

摘要

[目的]利用各种生物信息学工具分析hsa-miR-378转录调控、靶基因功能,以期为研究hsa-miR-378在人脂肪细胞分化过程中的功能与调控机制提供线索. [方法]应用UCSC Genome Browser、Promoter scan等在线工具,分析hsa-miR-378在基因组上下游10 kb以内的CpG岛分布情况、转录起始位置(TSS)、转录因子结合位置(TFBS)等；选择TargetScan、PicTar、MiRanda三种计算方法预测hsa-miR-378的靶基因,取三个预测结果的交集,并合并DIANA LAB-TarBase 6.0数据库的已验证靶标,对所得靶基因集分别进行GO注释描述、GO富集分析和pathway富集分析. [结果]hsa-miR-378可能具有独立的启动子,可能受C/EBPβ转录因子的调控；其预测靶基因集合富集于转录调控、蛋白质修饰、细胞分化等生物学过程和功能(P＜0.01)；并显著富集于TGF-β信号通路、Wnt信号通路等4个信号通路,以及甲状腺癌、系统性红斑狼疮等8个疾病通路中(P＜0.05). [结论]通过对hsa-miR-378转录调控元件、靶基因的分析,为hsa-miR-378在人脂肪细胞中的功能与调控机制研究提供了线索和理论依据.