基于Hadoop的化合物生物活性分析系统

• 作者: 南蓬 张亮 李杰辉 陈健
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 生物活性 生物信息学 并行计算 可扩展性 数据库 Hadoop框架
• 年，卷（期）: 2012,（13）
• 所属期刊栏目: 软件技术与数据库
• 页码范围: 48-50
• 分类号: TP311
• 字数: 4128字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2012.13.013

摘要

通过药物虚拟筛选,发现在具有生物活性化合物过程中,存在小分子结构相似性比较计算繁杂等问题.为此,结合MapReduce 模型,提出一种基于Hadoop的并行计算模型处理方法,并通过Hadoop工具予以实现.同时根据Hadoop分区算法不均匀、容错功能存在重复计算等问题对该方法进行改进.实验结果表明,该方法平均加速效率达到0.91,具有较好的可靠性和扩展性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张亮	复旦大学计算机科学技术学院	98	872	17.0	24.0
2	李杰辉	复旦大学计算机科学技术学院	2	13	2.0	2.0
3	陈健	复旦大学生命科学学院	15	153	6.0	12.0
4	南蓬	复旦大学生命科学学院	17	105	5.0	10.0