基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现

• 作者: 张云泉 王靖 费辉
• 来源期刊: 计算机科学
• 学科: 工学
• 关键词: 非标记定量 蛋白质组 QuantWiz GPU 并行计算
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 所属期刊栏目: 体系结构
• 页码范围: 285-288
• 分类号: TP312
• 字数: 4008字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-137X.2012.06.071

摘要

QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件,可很好地应用于定量蛋白质组学.实验数据的日益增大,使定量的计算量巨大,耗费时间长.GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力,为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案.对QuantWiz软件做了深入的研究与分析,找到了软件性能的热点模块所在,提出了该软件在GPU上的加速方案——GPU-QuantWiz,并进行了实现.性能测试显示,在Tesla C1060上,该方案的平均加速比达到9.66倍,得到了良好的加速效果.同时,该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张云泉	中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室	69	542	15.0	21.0
5	王靖	中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室	24	418	13.0	20.0
9	费辉	中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室	2	22	1.0	2.0