基于OpenMP的分子动力学并行算法的性能分析与优化

• 作者: 孙世新 白明泽 程丽 豆育升
• 来源期刊: 计算机应用
• 学科: 化学
• 关键词: 分子动力学 并行计算 多核中央处理器 OpenMP 临界区
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 先进计算
• 页码范围: 163-166
• 分类号: TP399|O641
• 字数: 5516字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1087.2012.00163

摘要

为提高分子动力学模拟在共享内存式服务器上的计算速度,对基于OpenMP的分子动力学并行算法(Critical方法)进行了性能分析与优化.通过在多核服务器上的测试,以及加速比和并行效率的计算分析了Critical方法的并行性能,进而提出优化的三角形方法.所提方法中每个线程所计算的粒子数固定,且粒子数目呈阶梯状上升,使得各线程能够错时到达临界区.从而使程序在临界区的闲置时间比Critical方法减半,加速比明显提高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙世新	电子科技大学计算机科学与工程学院	141	955	16.0	22.0
2	白明泽	电子科技大学计算机科学与工程学院	16	61	5.0	7.0
6	程丽	重庆邮电大学高性能计算与应用研究所	2	22	2.0	2.0