PPI网络的改进谱聚类算法

• 作者: 吴爽 郭玲 雷秀娟
• 来源期刊: 计算机应用研究
• 关键词: 谱聚类算法 粒子群优化算法 蛋白质相互作用网络
• 年，卷（期）: 2012,（7）
• 所属期刊栏目: 算法研究探讨
• 页码范围: 2442-2446
• 分类号: TP391.4|TP301.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-3695.2012.07.011

摘要

蛋白质相互作用(PPI)网络是生物信息学的一个新的研究领域.近年来谱聚类算法在未知蛋白质的功能预测方面发挥了重要作用,但是它要求事先确定聚类数目,为此提出了一种基于边的得分搜索的谱聚类算法.该算法采用谱聚类方法对数据进行预处理,并通过构造蛋白质节点之间的边的得分矩阵找到数据样本之间的相关性,同时融入粒子群算法来确定边的得分的最佳选择阈值,最后用广度优先遍历结点的方法得到聚类结果.算法在PPI网络数据集上进行了测试,结果表明该算法不但可以自动确定聚类数目,而且聚类结果的正确率和F-measure值都得到了提高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴爽	陕西师范大学计算机科学学院	4	28	2.0	4.0
2	雷秀娟	陕西师范大学计算机科学学院	43	470	12.0	19.0
3	郭玲	陕西师范大学生命科学学院	25	112	6.0	9.0