Endophilin B1基因及蛋白的生物信息学分析

• 作者: 何霞 关琳琳 冯发深 张定梅 徐霖 曹开源 汪杨 王铸 罗燕芬
• 来源期刊: 现代生物医学进展
• 学科: 生物学
• 关键词: Bif-1/Endophilin B1 BAR domain SH3 domain 生物信息学
• 年，卷（期）: 2012,（12）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 2212-2219
• 分类号: Q75|Q78
• 语种: 中文

摘要

目的:利用生物信息学方法分析人Endophilin B1基因以及蛋白的结构,为进一步研究其功能和参与的调控机制提供一定的理论依据.方法:通过GenBank搜索EndophilinB1基因及蛋白序列,采用生物信息学方法分析该基因在不同物种中的差异,分析该蛋白的亚细胞定位,二级结构,功能域以及抗原表位.结果:该基因编码一个长度为365个氨基酸的蛋白,具有两个BAR和SH3两个功能域.EndophilinB1蛋白理论分子量为40796.3,理论等电点为5.78.二级结构中α螺旋(H)占56.44％,β折叠(E)占5.48％,无规卷曲占38.08％.EndophilinB1蛋白含有4个可能的N连接糖基化位点,5个潜在的酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,7个豆蔻酰基化位点,3个PKC磷酸化位点以及2个酪氨酸激酶磷酸化位点.并进一步利用DNAstar软件分析了了该蛋白的抗原表位.结论:利用生物信息学预测出的结构和功能信息,能为EndophinB1蛋白的相关研究提供一定的信息基础.