MPI+TBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用

• 作者: 孙世新 温迪 白明泽 豆育升 赵文辉
• 来源期刊: 计算机应用研究
• 关键词: 分子动力学 混合并行编程模型 SMP集群 MPI 线程构建块
• 年，卷（期）: 2012,（5）
• 所属期刊栏目: 系统应用开发
• 页码范围: 1772-1774,1794
• 分类号: TP399
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-3695.2012.05.045

摘要

为了提高分子动力学模拟在对称多处理(SMP)集群上的计算速度,在分子动力学并行方法中引入MPI+TBB的混合并行编程模型.基于该模型,在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法,在节点间采用MPI及空间分解技术实施进程级并行,节点内采用TBB及临界区技术实施线程级并行.在SMP集群中的测试表明,该方法在体系较大以及节点数较多时可以明显减少通信时间,使加速比在纯MPI模型上提高45％.结果表明,MPI+ TBB混合并行编程模型可促进分子动力学并行模拟且效率明显提升.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙世新	电子科技大学计算机科学与工程学院	141	955	16.0	22.0
2	白明泽	电子科技大学计算机科学与工程学院	16	61	5.0	7.0
6	赵文辉	重庆邮电大学高性能计算与应用研究所	2	6	1.0	2.0