DNA甲基化数据分析方法和软件应用

• 作者: 丁裕斌 付利娟 何俊琳 刘学庆 夏映曦 王应雄 陈雪梅
• 来源期刊: 重庆医学
• 学科: 医学
• 关键词: DNA甲基化 软件 质量控制 数据分析
• 年，卷（期）: 2012,（17）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 1719-1721,1726
• 分类号: R346
• 字数: 3375字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-8348.2012.17.018

摘要

目的 分析DNA甲基化芯片实验过程质量控制方法 、数据统计分析要点及实验结果 的验证和数据的可视化处理.方法 利用文献、DNA甲基化实验数据探讨DNA甲基化研究中的方法 学.结果 DNA甲基化芯片初筛异常过程应多在步骤质量控制工作中,包括DNA片段化、免疫共沉淀阳性对照的选择、去除原始扫描噪音信号和数据均一化处理.DNA甲基化芯片的结果 可采用常用的甲基化特异性PCR(MSP)和甲基化测序PCR(BSP),引物设计软件包括Methprimer和Methyl Primer Express.DNA甲基化芯片分析数据的可视软件为Signal map;BSP结果 的可视化可采用Windows系统下的执行软件QUMA和BISMA.结论 DNA甲基化研究,应从多角度控制实验的设计和数据的产生及结果 的分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王应雄	重庆医科大学公共卫生学院	165	620	13.0	17.0
2	刘学庆	重庆医科大学公共卫生学院	73	210	8.0	11.0
3	何俊琳	重庆医科大学公共卫生学院	84	308	10.0	14.0
4	陈雪梅	重庆医科大学公共卫生学院	84	285	9.0	13.0
5	付利娟	重庆医科大学公共卫生学院	21	64	4.0	6.0
9	丁裕斌	重庆医科大学公共卫生学院	48	73	4.0	7.0
10	夏映曦		3	7	2.0	2.0