基于CUDA的位并行近似串匹配算法

• 作者: 崔文科 徐克付 李娜娜 胡玥
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 图形处理器 计算统一设备架构 位并行 近似匹配 存储访问
• 年，卷（期）: 2012,（22）
• 所属期刊栏目: 开发研究与设计技术
• 页码范围: 267-270,275
• 分类号: TP312
• 字数: 4407字
• 语种: 中文

摘要

为满足文本检索、计算生物学等领域海量数据匹配对高性能计算的要求,提出一种基于计算统一设备架构(CUDA)的位并行近似串匹配算法.结合图形处理器(GPU)的高并行计算结构及存储带宽特性,通过优化数据存储方式,实现并行化动态规划矩阵算法(BPM)的加速,并对加速性能进行对比测试.实验结果表明,BPM算法通过GPU加速能获得20倍左右的加速比.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李娜娜	中国科学院计算技术研究所信息内容安全技术国家工程实验室	21	191	7.0	13.0
2	徐克付	中国科学院计算技术研究所信息内容安全技术国家工程实验室	14	162	6.0	12.0
3	崔文科	北京科技大学计算机与通信工程学院	1	3	1.0	1.0
7	胡玥	北京科技大学计算机与通信工程学院	13	102	4.0	10.0