基于ITS2和16S rRNA的西施舌群体遗传差异分析

• 作者: 孟学平 曾云 田美 申欣 程汉良 董志国 赵娜娜 阎斌伦 陈建安
• 来源期刊: 生态学报
• 关键词: 西施舌 群体 ITS1 16S rRNA 遗传差异 二级结构
• 年，卷（期）: 2013,（24）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 7882-7891
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.5846/stxb201209041247

摘要

目前,我国西施舌群体分子遗传差异研究结果存在争议.分析我国南北沿海(9个群体)、与广西北海毗邻的越南(1个群体)西施舌核DNA的内转录间隔区2(ITS2)和线粒体DNA的16S rRNA基因(16S)片段核苷酸序列及其二级结构,为解决争议问题提供分子生物学资料.扩增获得西施舌ITS2片段和16S序列,其长度分别为389-402 bp和306 bp,加之下载序列共147条;序列分析显示,74个ITS2序列共有17种基因型,73个16S序列有15种单倍型,其中,长乐(CL)群体独享9种ITS2基因型和5种16S单倍型,非长乐群体(nCL)多数为群体间交叉共享1种或几种基因(单倍)型;基因(单倍)型核苷酸变异位点占5.7％ (ITS2)和11.8％(16S);基于ITS2和16S的CL群体和nCL群体间的遗传距离与群体内遗传距离之比分别为2.42和11.08,nCL群体间的平均遗传距离均为0.007;二级结构显示CL群体ITS2的9种基因型和16S的5种单倍型均区别于nCL群体,nCL的ITS2和16S二级结构分别相似;ITS2和16S基因的系统发育分析显示,CL西施舌形成支持率很高(98,96)的单系支,而nCL群体则交叉聚为另一支(98,96).研究结果揭示,福建西施舌是腔蛤蜊属(Coelomactra)的一个新种.