改进的基因拷贝数变异检测算法

• 作者: 吴悦 李平 杨洪斌
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 拷贝数变异 cnvPartition算法 二元分割 单核苷酸多态性 环状二元分割 Z检验
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 开发研究与设计技术
• 页码范围: 309-312,317
• 页数: 5页
• 分类号: TP301.6
• 字数: 4657字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2013.01.068

摘要

cnvPartition算法在单核苷酸多态性数据上运算时间复杂度较高.为此,提出一种改进的基因拷贝数变异(CNV)检测算法.将二元分割与cnvPartition算法相结合,优先查找显著变异断点,再检测出隐藏性变异断点.实验结果表明,该算法在位点数增加时,最高可提高50％的检测速度,利于检测出小片段的CNV变异.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨洪斌	上海大学计算机工程与科学学院	42	185	6.0	11.0
2	吴悦	上海大学计算机工程与科学学院	59	274	9.0	13.0
3	李平	上海大学计算机工程与科学学院	13	9	2.0	3.0