泥蚶34个EST-SSR标记的开发及在格粗饰蚶中的通用性检测

• 作者: 吴国星 姚韩韩 林志华 董迎辉 赵德旻 边平江
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 泥蚶 EST-SSR 多态性 通用性 格粗饰蚶
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 页码范围: 70-77
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2013.38307

摘要

利用泥蚶转录组高通量测序、拼接获得的大量EST序列开发SSR标记,在1123条EST序列里筛查到73条含有SSR位点的EST序列,其中54个位点适合设计引物,在位点两侧设计引物并进行PCR扩增.结果显示,46对引物获得稳定扩增的位点,引物在泥蚶奉化群体的多态性检测中发现,有34对引物表现出多态性,共扩增出122个等位基因,各位点的等位基因数Na为2～7个,平均每个位点产生3.59个等位基因,观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量PIC范围分别为0.000 ～ 0.600、0.078 ～0.771、0.106～0.718；Hardy-Weinberg平衡检测显示,13个位点偏离了平衡状态；用Nr和Swiss-Prot蛋白质数据库对含有多态性SSR的EST进行了基因注释,25个SSR位点来自注释基因序列.将34对泥蚶多态性SSR引物在格粗饰蚶中进行了通用性检测,结果有1 1对成功扩增,8对表现为多态,通用率为23.53％,这些通用引物可用于两种蚶的遗传多样性评价、系统进化分析、比较作图和基因发掘等研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	董迎辉	浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室	39	373	12.0	16.0
2	姚韩韩	浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室	22	170	9.0	12.0
3	边平江		6	153	3.0	6.0
4	吴国星	浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室	1	24	1.0	1.0
5	赵德旻	浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室	1	24	1.0	1.0