茎瘤芥根和茎组织转录组比较分析

• 作者: 何晓红 孙全 曾鑫 江怀仲 王微娜 蔡应繁
• 来源期刊: 四川大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 茎瘤芥 转录组测序 数字基因表达谱 根组织 茎组织 差异表达分析
• 年，卷（期）: 2013,（5）
• 所属期刊栏目: 生物学
• 页码范围: 1090-1096
• 页数: 7页
• 分类号: Q945|Q78
• 字数: 4179字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0490-6756.2013.05.034

摘要

茎瘤芥是十字花科芸薹属植物的变种.本研究在前期的转录组测序和数字基因表达谱(DGE)测序的基础上进一步对榨菜的根组织进行了测序和分析.通过高通量RNA-Seq测序我们获得了高质量的数字基因表达谱数据超过一千万条,其中有约71％能比对到参考基因序列上.我们将根组织的数字基因表达谱数据与榨菜瘤茎膨大过程中的3个时期的数字基因表达谱数据进行了比较,获得了共有的(3组差异表达基因的交集)差异表达基因共3594个,对这些差异表达基因的表达趋势可以分为8个簇.同时对这些差异基因进行代谢途径的功能注释,发现这些差异表达基因除了在光合作用相关的途径外,主要分布在细胞壁的合成、降解以及二级代谢如类黄酮代谢等途径方面.通过对榨菜根组织的转录组测序,我们筛选得到了部分榨菜根与茎的差异表达基因,这些基因可能与榨菜的瘤茎膨大有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡应繁	重庆邮电大学生物信息学院	31	198	7.0	12.0
2	江怀仲	重庆邮电大学生物信息学院	27	105	6.0	8.0
3	孙全	重庆邮电大学生物信息学院	12	48	4.0	6.0
4	何晓红	重庆邮电大学生物信息学院	26	82	4.0	8.0
5	曾鑫	重庆邮电大学生物信息学院	5	13	3.0	3.0
6	王微娜	重庆邮电大学生物信息学院	4	11	2.0	3.0