HIV-1蛋白酶异位抑制剂体系的长时间分子动力学模拟

• 作者: 孟现美 张少龙 张庆刚 张怿慈 王加磊
• 来源期刊: 山东科学
• 学科: 化学
• 关键词: HIV-I蛋白酶 异位抑制剂 MM-PB/GBSA CUDA Amber ff12SB力场
• 年，卷（期）: 2013,（2）
• 页码范围: 1-6
• 页数: 6页
• 分类号: O641.12
• 字数: 3736字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3976/j.issn.1002-4026.2013.02.001

摘要

采用新开发的ff12SB力场在NVIDIA CUDA GPU上对HIV-1蛋白酶的活性位抑制剂体系和异位抑制剂体系分别进行了100 ns的长时间分子动力学模拟,并用MM-PB/GBSA方法计算了活性位点抑制剂TL-3与HIV-1蛋白酶的结合自由能.异位抑制剂体系中分子片段2-甲基环己醇结合在Exo位,有利于抑制剂被束缚在活性位点附近.异位抑制剂体系中抑制剂TL-3与蛋白酶的结合自由能为-85.78 kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-79.45 kcal/mol.这些结果有助于深入了解HIV-1 PR的动力学过程,为设计新型强效抑制剂提供了新见解.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孟现美	山东师范大学物理与电子科学学院	14	40	4.0	5.0
2	张庆刚	山东师范大学物理与电子科学学院	71	240	8.0	11.0
3	张少龙	山东师范大学物理与电子科学学院	29	118	6.0	9.0
4	王加磊	山东师范大学物理与电子科学学院	3	8	2.0	2.0
5	张怿慈	山东师范大学物理与电子科学学院	12	35	3.0	5.0