利用Solexa测序技术鉴定甜橙miRNAs

• 作者: 刘金香 周常勇 周彦 张振臣 曹孟籍 李中安 杨方云 王永江 申晚霞
• 来源期刊: 果树学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甜橙 miRNA 靶基因 高通量测序
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 种质资源·遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 526-536,后插1
• 页数: 12页
• 分类号: S666.4
• 语种: 中文

摘要

[目的]预测鉴定甜橙miRNA及其作用机制和功能,为深入研究挖掘甜橙miRNA及其抗病相关miRNA的作用等提供翔实的基因信息.[方法]利用高通量测序技术、相关的生物信息学软件和数据库,构建甜橙小RNA文库,然后以甜橙基因组为参考基因组,进行甜橙miRNA鉴定和靶基因预测;利用GO和KEGG数据库对靶基因进行功能分析.[结果]成功构建了甜橙小RNA文库:获得12 617 944条小RNA序列分属于3 065 625种小RNA序列,获得序列中24 nt长的序列最多,占到序列的49.3％.鉴定出2 199 561条miRNA,其中已知miRNA638 722条,分属52种miRNA家族,候选miRNA1560 839条,分属204种miRNA.已知的52种保守miRNA基因预测出927个靶基因位点,候选miRNA中有154种预测出1 777个靶基因位点.GO数据库对靶基因分类显示,甜橙miRNA调控的靶基因主要参与多细胞互作、转录本调控和细胞组成等生物学途经和分子功能方面.KEGG数据库中病原物与寄主互作亚库分析结果显示,靶基因主要与抗性蛋白、转录因子和抗病酶等关联.[结论]预测鉴定出一批甜橙miRNA及其调控的靶基因,为进一步研究提供了参考信息.