三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记的发掘及多态性分析

• 作者: 刘萍 吕建建 李健 王渝 高保全
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 三疣梭子蟹 微卫星标记 多态信息含量
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 页码范围: 816-822
• 分类号: Q785|S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2013.38343

摘要

为发掘三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记,实验运用生物信息学方法,从NCBI数据库已公开的13 985条三疣梭子蟹EST序列中搜索微卫星位点.结果显示,共搜索到287个微卫星位点,其中主要为二核苷酸重复序列(173个),占总数的60.3％；其次为三核苷酸重复序列(79个),占总数的27.5％；四、五、六核苷酸重复位点较少；在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的53.8％,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的37.0％,AT和GC重复较少.挑选14个Ⅰ型微卫星标记在野生三疣梭子蟹群体中进行多态性检测,发现8个位点呈多态性,平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合度(H)分别为0.57和0.63.其中6个多态性位点的PIC值大于0.5,呈现较高多态性特征.研究表明,基于三疣梭子蟹EST数据发掘Ⅰ型微卫星标记的方法切实可行.本研究发掘的Ⅰ型微卫星标记将为三疣梭子蟹遗传多样性评估、遗传连锁图谱构建和QTL分析提供有效的分子标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘萍	中国水产科学研究院黄海水产研究所	124	3043	33.0	48.0
2	李健	中国水产科学研究院黄海水产研究所	215	3950	34.0	49.0
3	高保全	中国水产科学研究院黄海水产研究所	41	687	16.0	24.0
4	吕建建	中国水产科学研究院黄海水产研究所	6	38	3.0	6.0
5	王渝	中国水产科学研究院黄海水产研究所	1	6	1.0	1.0