南海陆坡沉积物细菌丰度预测

• 作者: 李涛 王鹏
• 来源期刊: 生态学报
• 关键词: 细菌 物种丰度 南海 沉积物
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 286-293
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.5846/stxb201110081467

摘要

分别利用参数模型和无参数估计法预测南海陆坡沉积物柱MD05-2896中的细菌丰度.基于非培养的PCR-RFLP的16SrRNA基因分子技术,扩增了沉积物柱中的细菌16S rRNA基因序列,并构建16S rRNA基因文库.系统发育分析表明16S rRNA基因文库中,大多数序列属于17个已知的“门”.分别以99％、97％、90％和80％序列一致性作为分类单元分界点,将16SrRNA基因序列组群为分类单元.使用逆高斯分布模型、对数正态分布模型、负二项式分布模型、帕雷托分布模型、双指数分布模型以及ACE、ACE-1等估计方法预测不同分类单元分类水平下的细菌丰度.结果表明在“种”级分类水平上,负二项式分布为最优估计模型,估计细菌丰度为244±10(SE).不过,受实验条件的限制,该估计值可能偏低.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王鹏	同济大学海洋地质国家重点实验室	91	943	17.0	29.0
2	李涛	同济大学海洋地质国家重点实验室	2	3	1.0	1.0