乳腺癌转移相关microRNA-200c调控的基因网络分析

• 作者: 刘卓琦 朱伟锋 杨晓红 熊小亮 王晟 石慧东 罗达亚 肖影群
• 来源期刊: 肿瘤
• 学科: 医学
• 关键词: 乳腺肿瘤 微RNA 肿瘤转移 系统生物学
• 年，卷（期）: 2013,（2）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 111-118
• 页数: 8页
• 分类号: R737.9
• 字数: 6272字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3781/j.issn.1000-7431.2013.02.002

摘要

目的:结合生物信息学分析手段,筛选乳腺癌转移相关微RNA (microRNA,miRNA)-200c调控的基因网络.方法:采用Affymetrix(R) miRNA生物芯片分析12株乳腺细胞中差异表达的miRNA;应用脂质体转染法将miR-200c模拟物(mimic)转入4株高转移性的乳腺癌细胞株(BT549、HS578T、MDA-MB-231和SUM159PT)中,再用Affymetrix(R) mRNA生物芯片检测转染miR-200c mimic后高转移性乳腺癌细胞株中差异表达的基因.采用生物分子功能注释系统(CapitalBio Molecule Annotation System,MAS),筛选miR-200c调控的信号通路与基因网络.结果:12个乳腺细胞株中筛选出9个差异表达的miRNA (P＜0.01,倍数值≥20或≤-20),其中以miR-200c在高转移性乳腺癌细胞株中下调幅度最显著.4个转染miR-200c mimic的乳腺癌细胞株中共有33个共上调基因及13个共下调基因.实时荧光定量-PCR与蛋白质印迹法验证结果显示,共调基因锌指E框结合同源框1(zinc finger E-box binding homeobox1,ZEB1)mRNA和蛋白在4个转染细胞株中均下调.MAS生物信息学分析结果显示,转染miR-200c mimic的乳腺癌细胞株中共有的差异表达基因相关信号通路包括嗅觉传导(olfactory transduction)通路、细胞因子-细胞因子受体关联(cytokine-cytokine receptor interaction)通路和细胞黏附分子(cell adhesion molecules,CAMs)通路等,不同的信号通路可以通过共调基因相互联系,在特定的信号通路中,共调基因间也存在密切的相互联系.结论:以高通量生物芯片检测为基础,运用生物信息学分析手段,多元化筛选获得miR-200c 调控的基因网络,为后续展开miR-200c作用机制的研究提供了明确的方向.