辣椒SSR标记的开发和高密度遗传连锁图谱的构建

• 作者: Eri Yoshimoto Hiromasa Sawada Hiroyuki Fukuoka Ryutaro Nagata Toru Sugita Yukari Semi Yuki Maehata Yuko Hosomi Yumi Utoyama
• 来源期刊: 辣椒杂志
• 关键词: 辣椒 连锁图谱 SSR (simple sequence repeat) 番茄基因组
• 年，卷（期）: 2013,（2）
• 所属期刊栏目: 国外瞭望
• 页码范围: 41-50
• 页数: 10页
• 字数: 6250字
• 语种: 中文

摘要

为了方便辣椒的标记辅助育种和遗传分析,我们利用辣椒基因组富集文库和公共数据库辣椒的cDNA序列,从中开发了一批非冗余的、具有2～3个碱基基序的SSR (simple sequence repeat)标记.SSR富集文库由三种限制性内切酶(A luI、HaeⅢ、RsaI)和两种生物素标记的寡核苷酸探针b(GA)15和b(CA)15共同构建而成.从6528个克隆开发了1736个基因组SSR标记,从13003个序列中获得了1344个cDNA序列来源的SSR标记.利用自交系K9-11和MZC-180的种内杂交种(K9-11×MZC-180)获得了双单倍体分离群体,并用于遗传作图.将597个标记定位到该连锁图上,其中包括265个新开发的SSR标记.将该遗传图谱命名为KL-DH,它包括12个连锁群,覆盖了2028cM的遗传距离,标记间的平均距离少于4cM.将KL-DH图谱的框架结构与已发表的COSⅡ图谱进行了比较,并利用番茄的基因组序列来整合两个图谱.COSⅡ图谱是由C.frutescens×C.annuum种间杂种的F2分离群体构建而成.本研究所建立的种内杂交KL-DH图谱和种间杂交COSⅡ图谱在图谱长度和标记分布上比较相似,表明KL-DH图谱几乎覆盖了整个辣椒基因组.