黑白轮枝菌基因组中微卫星的频率和分布

• 作者: 冯自力 刘义杰 师勇强 朱荷琴 李彩红 李志芳 王玲飞 赵丽红
• 来源期刊: 棉花学报
• 学科: 农学
• 关键词: 黑白轮枝菌 基因组 简单重复序列 非随机分布
• 年，卷（期）: 2013,（2）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 135-141
• 页数: 7页
• 分类号: S435.621
• 字数: 4913字
• 语种: 中文

摘要

为了明确重要植物病原真菌黑白轮枝菌基因组中的徽卫星(SSR)分布情况,利用软件SciRoKo从已测序的VaMsl02菌株基因组(32.8 Mb)中,成功搜索得到4224个SSR.结果显示,三碱基重复徽卫星的数量最多,为1481个,占SSR总数的35.1％；其次是二碱基、六碱基、四碱基和五碱基;单碱基重复的微卫星数量最少,为308个,仅占总数的7.3％.不同重复单元的徽卫星在黑白轮枝菌基因组中的分布是非随机的,具有明显的偏好性.单碱基、二碱基、四碱基和五碱基偏爱出现于非编码区,尤其是基因间区.三碱基和六碱基重复微卫星较为集中分布在外显子区,并且重复次数变化丰富,推断黑白轮枝菌编码区的SSR可能会通过调节自身的重复次数来适应新环境.