7种昆虫质型多角体病毒基因组密码对的使用模式分析

• 作者: 姜义仁 孙影 杨瑞生 石生林 秦利
• 来源期刊: 蚕业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 质型多角体病毒 密码对使用模式 聚类分析 系统发育
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 63-69
• 页数: 7页
• 分类号: Q965.8
• 语种: 中文

摘要

质型多角体病毒(cypoviruses,CPV)是昆虫常见病原微生物.采用生物信息学方法对7种昆虫CPV基因组编码序列进行密码对使用模式分析,探究昆虫CPV基因组特征.分析结果表明:昆虫CPV基因组中密码对的使用是非随机的,密码对组合NNA→ANN、NNG→GNN、NNU→CNN、NNU→UNN中的多数密码对是CPV负偏好性密码对,密码对组合NNA→CNN、NNA→UNN 、NNG→CNN、NNU→GNN中的多数密码对是CPV正偏好性密码对；残值最高的10个密码对与残值最低的10个密码对中有4个共用密码子(AAA、AAG、GAU、UAU),进一步说明密码对使用的偏好性；不同CPV间的基因组密码对使用偏好性程度相近,但极端偏好性密码对种类不同.同一电泳型CPV在聚类分析中的距离较近,说明同一电泳型CPV的基因组密码对使用模式相似,并且系统发育分析结果与基于密码对使用模式的聚类分析结果一致,说明CPV基因组密码对使用模式分析可用于研究其基因组进化.昆虫CPV基因组密码对使用具有偏好性,这种偏好性是其基因组特征的一种表现.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	石生林		57	230	10.0	12.0
2	秦利		109	526	13.0	17.0
3	姜义仁		58	202	9.0	12.0
4	杨瑞生		51	186	8.0	12.0
5	孙影		9	22	2.0	4.0