草菇磷酸果糖激酶(PFK)基因克隆、结构及不同菌株中表达量分析

• 作者: 刘朋虎 江玉姬 谢宝贵 邓优锦
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 草菇 基因结构 可变剪切 协同增效 异核体
• 年，卷（期）: 2013,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 253-260
• 语种: 中文

摘要

从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15,二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21.用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序(de novo sequencing),对PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体分别进行数字基因表达谱测序,对8个样品(PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体,H15-21出菇后的原基、钮扣期菌柄、蛋形期菌柄、伸长期菌柄和成熟期菌柄)mRNA等量混合物进行转录组测序.克隆测序了PYd21与PYd15中磷酸果糖激酶(PFK)基因,比对结果表明二者序列一致.利用转录组数据对PFK基因结构进行分析,结果表明:该基因全长3,494bp,有12个外显子、11个内含子；开放阅读框(ORF)全长2,457bp,编码818个氨基酸,5′端非翻译区(5′UTR)长度281bp,3′端非翻译区(3′UTR)全长103bp；RNA在加工过程中存在1种可变剪切类型、6个可变剪切位点.数字基因表达谱分析结果表明,PFK基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为71.08、120.61、251.85(transcript per million clean tags,TPM),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关.并且异核菌株H15-21表达量高于2个单孢菌株之和,基因表达存在协同增效作用.采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,表达谱数据切实可靠.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢宝贵	福建农林大学菌物研究中心	186	1536	20.0	28.0
2	江玉姬	福建农林大学菌物研究中心	68	515	13.0	20.0
3	刘朋虎	福建农林大学菌物研究中心	56	275	9.0	14.0
5	邓优锦	福建农林大学菌物研究中心	44	315	12.0	16.0