基于ISC-SVR方法预测Th细胞表位

• 作者: 于畅宇 刘伟 刘涛 宋哲 朱鸣华
• 来源期刊: 化学学报
• 关键词: T细胞 表位 外源性抗原 MHC Ⅱ类分子 支持向量回归机
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 670-678
• 语种: 中文
• DOI: 10.6023/A12121059

摘要

外源性抗原蛋白被抗原提呈细胞(APC)摄取送入溶酶体中被降解为长度不一的肽段.在HLA-DM分子辅助下,MHC Ⅱ类分子相关恒定链多肽(class Ⅱ-associated invariant chain peptide,CLIP)从MHC Ⅱ类分子的肽结合槽解离,使得外源性抗原降解的肽段进入MHC Ⅱ类分子空的肽结合槽中,形成稳定的抗原肽-MHC Ⅱ类分子复合物.之后再被提呈到APC细胞表面供CD4+Th细胞的TCR识别,激活Th细胞分泌细胞因子,促进CTL细胞特异性杀伤靶细胞或辅助B细胞产生抗体.Th细胞的活化对机体的细胞免疫和体液免疫功能都有重要的辅助作用.本工作基于迭代自洽策略与支持向量回归机(ISC-SVR)方法建立了MHC Ⅱ类分子与外源性抗原肽结合亲合力预测模型,采用13mer扩展核心结合序列可以提高预测模型的性能,分别按照均值法、最大值法、结合法、加权平均值法4种方法计算MHC Ⅱ类分子与抗原肽的结合亲合力值.对17种MHC Ⅱ类分子配型进行了回归分析,与其他预测模型相比较,本工作模型都得到了最佳AUC值.最后,以HLA DRB1*0101分子为例,分析讨论了MHC Ⅱ类分子与抗原肽的结合特异性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘伟	大连理工大学高科技研究院	133	461	9.0	17.0
2	宋哲	大连理工大学高科技研究院	6	26	3.0	5.0
3	刘涛	大连理工大学高科技研究院	33	140	7.0	10.0
4	朱鸣华	大连理工大学高科技研究院	12	136	4.0	11.0
5	于畅宇	大连理工大学高科技研究院	1	0	0.0	0.0