基于中国明对虾不同组织EST数据的基因表达差异分析

• 作者: 张晓军 李富花 柳承璋 王兵 相建海 董波 隗健凯
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 中国明对虾 表达序列标签(EST) 组织差异 组织高表达基因
• 年，卷（期）: 2013,（5）
• 页码范围: 661-671
• 分类号: Q785|S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2013.38371

摘要

对前期获得的中国明对虾头胸部、血液、眼柄、卵巢4种组织的EST测序数据进行了生物信息学挖掘和分析.4种组织的原始EST序列分别为10 446条、2 690条、1 067条和1 282条,通过聚类拼接得到unigene 3 454条、1 053条、406条和544条,对其进行了NR、GO、KEGG等数据库的功能注释,并在此基础上进行了组织差异分析.通过同源比对的方法找出了各组织特异的转录本,并根据注释信息将其进行了GO功能分类.结果显示,血液组在细胞杀伤、迁移和节律等功能分类上特异性富集；眼柄组在色素生成、信号传递和生物学调控等功能分类上特异性富集；卵巢组在营养贮存运输、繁殖和定位等功能分类上特异性富集.拼接时聚类到一起的EST数目在一定程度上可以代表基因的表达量,据此对各组织的高表达基因进行了分析.结果显示,peritrophin、elongation factor 1-alpha、thrombospondin和arginine kinase 4个基 因在组织中分布较为广泛且表达量高,提示其可能参与对虾多种重要的生物学过程.而在血液组中注释到的高表达基因还包括penaeidin、cytochrome c oxidase和14-3-3 like protein基因,在眼柄组中注释到的高表达基因还包括arrestin和rhodopsin基因.此外,为了解各组织共有基因的差异表达情况,对peritrophin和peroxiredoxin进行了分析,发现了peritrophin基因的多形式和高表达现象.