一种基于Gamma模型的RNA-seq数据分析方法

• 作者: 刘学军 张礼
• 来源期刊: 南京大学学报（自然科学版）
• 关键词: RNA-seq技术 基因表达 转录本表达 虚拟探针 Gamma模型
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 页码范围: 465-474
• 语种: 中文

摘要

随着下一代高通量的DNA测序技术的飞速发展,RNA-seq测序技术已成为转录组分析的标准技术.RNA-seq技术产生海量的测序数据,为生物信息学带来新机遇的同时也带来了巨大的挑战.RNA-seq技术中最为基本的应用是计算基因和转录本的表达水平,而读段在基因参考序列上非均匀分布以及多源映射为准确计算基因及转录本表达水平带来了挑战.本文首先设计出一种类似基因芯片的虚拟探针数据格式,基于此数据格式提出一种基于Gamma分布的双层概率模型(GamSeq)模拟读段数据的产生,并结合已知的基因和转录本注释信息,计算出基因和转录本表达水平.本文将GamSeq方法应用到多个数据集上,并与目前最流行的方法进行对比,实验结果显示GamSeq方法能够较为准确地计算基因和转录本表达水平.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张礼	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	12	38	4.0	5.0
2	刘学军	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	31	236	7.0	14.0